Kerjaya awal

Krunić memulakan kariernya bersama kelab Sutjeska Foča dan beliau melakukan penampilan sulung untuk kelab tersebut pada 2012.

Pada Januari 2013, beliau telah berpindah ke kelab Serbia iaitu Donji Srem.

Pada bulan Ogos 2014, beliau melakukan perpindahan ke Itali untuk menyertai kelab Hellas Verona tetapi dengan segera dipinjamkan ke kelab lamanya iaitu Donji Srem. Apabila Hellas Verona mula menjalankan sesi latihan pra-musim sejuk pada Januari 2015, Krunić tidak tampil dalam latihan tersebut menyebabkan pihak kelab mengugut untuk menghantar aduan kepada UEFA dan FIFA. Donji Srem seterusnya bertindak membayar pampasan oleh sebab ketiadaan Krunić untuk aktiviti bersama kelab Itali itu.

Pada 30 Januari 2015, Krunić diumumkan telah menyertai kelab Borac Čačak. Donji Srem telah memfailkan aduan kepada Persatuan Bola Sepak Serbia dan mengkritik persatuan tersebut kerana menekan mereka untuk mengingkar undang-undang FIFA mengenai isu aduan Krunić di Verona.

Empoli

Pada 1 Julai 2015, Krunić telah menandatangani kontrak tiga tahun bersama kelab Itali, Empoli. Beliau melakukan penampilan sulung untuk kelab tersebut ketika menentang Sassuolo pada 4 Oktober 2015. Pada hujung bulan tersebut, beliau menjaringkan gol pertamanya untuk Empoli ketika pasukannya menumpaskan Genoa 2-0.

Pada Ockober 2017, Krunić telah melanjutkan kontraknya bersama Empoli sehingga Jun 2021. Pada musim tersebut, beliau memainkan peranan besar dalam pasukan selepas disingkirkan ke Serie B dengan mencapai status juara liga tersebut pada 28 April 2018. Krunić juga disenaraikan ke dalam pasukan terbaik dalam liga tersebut dengan statistik lima jaringan gol dan sepuluh hantaran gol.

Pada 1 Disember 2018, beliau membuat penampilan ke-100 untuk Empoli dan dalam perlawanan tersebut juga, beliau menjaringkan gol dan membuat hantaran jarangan ketika menentang SPAL.

Milan

Pada 8 Julai 2019, Krunić menandantangani kontrak lima tahun dengan Milan dengan bayaran perpindahan yang tidak didedahkan.